原生动物学团队(研究室)毕业生一览表

姓名

毕业时间

本室所获学位

工作单位或博士就读-博士后工作学校

E-mail

施心路

1997 (博士)

杭州师范大学

shixl56@163.com

类彦立

1997 (硕士)

中科院海洋研究所

leiyanli@ms.qdio.ac.cn

徐奎栋

1999 (博士)

中科院海洋研究所

kxu@ms.qdio.ac.cn

赵元莙

2000 (博士)

重庆师范大学

zhaoyuanjuncqnu@126.com

张绍丽

2000 (硕士)

国家海洋局

zhangshaoli2688@163.com

马宏伟

2002 (博士)

University of Oklahoma Health Sciences Center (美国)

Hongwei-ma@ouhsc.edu

mhongwei@hotmail.com

陈子桂

2002 (博士)

香港中文大学

zigui.chen@cuhk.edu.hk

zigui.chen@gmail.com

胡晓钟

2002 (博士)

中国海洋大学

xiaozhonghu@ouc.edu.cn

许恒龙

2003 (博士)

中国海洋大学

xuhl@ouc.edu.cn

邱彦涛

2003 (硕士)

中国海洋大学

ytqiu@ouc.edu.cn

商慧敏

2004 (博士)

香港中文大学

huiminshang@gmail.com

付崇罗

2004 (博士)

聊城大学

fuchongluo@lcu.edu.cn

张武昌

2005 (博士后)

中科院海洋研究所

wuchangzhang@163.com

季道德

2005 (博士)

烟台大学

daodeji@126.com

2005 (博士)

中山大学

gongj27@mail.sysu.edu.cn

林晓凤

2005 (博士)

厦门大学

xlin@scnu.edu.cn

任素莲

2005 (博士)

中国海洋大学

slren@ouc.edu.cn

朱明壮

2018 (博士)

中国海洋大学

akfs@ouc.edu.cn

2007 (博士)

厦门大学

psun@xmu.edu.cn

徐大鹏

2007 (博士)

厦门大学

dapengxu@xmu.edu.cn

李丽芳

2007 (博士)

山东大学

qd_liliy@sina.com

马洪钢

2019 (博士)

中国海洋大学

mahonggang@ouc.edu.cn

龙红岸

2007 (硕士)

中国海洋大学

longhongan@ouc.edu.cn

2008 (博士)

陕西师范大学

shaochen@snnu.edu.cn

李继秋

2009 (博士后)

厦门大学

lijiqiu@xmu.edu.cn

郭文波

2009 (博士)

国家海洋科学研究中心(青岛)

gwb9729@hotmail.com

陈相瑞

2009 (博士)

宁波大学

xiangruichen@126.com

2009 (博士)

中国科学院大学(北京)

doublemiao@126.com

李俐琼

2009 (博士)

中国农业大学(烟台)

lilyjone_new@163.com

王艳刚

2009 (博士)

新华社北京分社

wangyangang2001@163.com

伊珍珍

2009 (博士)

华南师范大学

zyiscnu@sina.com

代仁海

2009 (硕士)

国家海洋科学研究中心(青岛)

drh@nocq.org

杨金鹏

2009 (硕士)

中山大学

yangjp8@mail.sysu.edu.cn

2011 (博士)

中国海洋大学

shangao@ouc.edu.cn

范鑫鹏

2011 (博士)

华东师范大学

xpfan@bio.ecnu.edu.cn

潘宏博

2011 (博士)

上海海洋大学

hbpan@shou.edu.cn

姜佳枚

2011 (博士)

上海海洋大学

capitata@163.com

张倩倩

2012 (博士)

中科院烟台海岸带研究所

qqzhang@yic.ac.cn

2012 (博士)

中科院水生生物研究所

jiehuang1228@163.com

2012 (博士)

中国海洋大学

yongjiang@ouc.edu.cn

刘西汉

2012 (硕士)

河北省科学院地理科学研究所

xihan_ouc@126.com

2012 (硕士)

中山大学

youyun55555@163.com

2012 (硕士)

中山大学

shenzhuo@mail.sysu.edu.cn

刘炜炜

2013 (博士后)

中科院南海海洋研究所

wwliu@scsio.ac.cn

陈旭淼

2013 (博士)

中科院海洋研究所

xchen@qdio.ac.cn

2013 (博士)

中国海洋大学

gaof@ouc.edu.cn

2013 (博士)

华东师范大学

yxu@sklec.ecnu.edu.cn

hdxy8626@163.com

2013 (硕士)

日照职业技术学院

passion_1987@126.com

2014 (博士)

深圳朗诚科技股份有限公司

dongjun860920@163.com

2014 (博士)

首都师范大学

yanzhao@cnu.edu.cn

潘旭明

2014 (博士)

哈尔滨师范大学

pppppp206@126.com

2014 (硕士)

英国教育科技(北京)

niuniu19900415@163.com

2015 (博士)

中山大学

zhangwei_shandong@126.com

樊阳波

2015 (博士)

深圳市标准化技术研究院

cookies.1989@163.com

李佳楣

2015 (博士)

中国海洋大学

lijiamei825@163.com

2015 (硕士)

University of Minnesota (美国)

wang5922@umn.edu

李凤超

2016 (博士后)

河北大学

lifengchao2000@126.com

陈凌云

2016 (博士)

西北师范大学

linxiachenlingyun@163.com

赵晓璐

2016 (博士)

北京大学第三医院生殖医学中心

xiaolu_zhao@163.com

芦晓腾

2016 (硕士)

深圳北理莫斯科大学

leonardolxt@126.com

2017 (博士)

山东大学

songwenpower@163.com

2017 (博士)

中国海洋大学

qilin_238@163.com

2017 (博士)

Columbia University (美国)

seanchen607@gmail.com

罗晓甜

2018 (博士)

中科院水生生物研究所

luoxiaotian512@163.com

2018 (硕士)

中山大学

byxw123@sina.com

曲志帅

2018 (博士)

中山大学

quzhishuai@126.com

郑维波

2018 (博士)

鲁东大学

wbzheng@foxmail.com

2019 (博士后)

山西大学

xujing@sxu.edu.cn

李星浩

2019 (博士后)

湖北大学

li_xhao@163.com

张腾跃

2019 (硕士)

Comenius University in Bratislava(斯洛伐克)

zhangtengyue2016@163.com

刘铭鉴

2019 (博士)

中国海洋大学

liumingjian0711@163.com

2019 (博士)

University of Michigan (美国)

jiehuang1228@163.com

许文欣

2020 (硕士)

University of Pisa (意大利)

xuwenxinoo@163.com

王春荻

2021 (博士)

山东大学

chundiwang102@foxmail.com

王玉蕊

2021 (博士)

陕西师范大学

wangyurui2011@163.com

王媛媛

2021 (博士)

中国海洋大学

wangyuanyuan@ouc.edu.cn

卢博荣

2021 (博士)

中国海洋大学

boronglu@126.com

盛亚岚

2021 (博士)

华南师范大学

yalansheng@126.com


  • 研究方向

        

    空白围绕纤毛虫原生动物的多样性、细胞学、表观遗传学、组学与基因进化、系统发育等基础生物学问题,主要研究包括:

    1. 聚焦我国温带、亚热带-热带沿海与内陆湿地环境中的自由生活类群,研究其区系、形态分类、物种多样性、群落结构、生态学功能与地位、时空与地理分布;

    2. 以四膜虫等模式物种为材料,探讨以甲基化修饰为主的表观遗传信息对基因表达和复制的调控机制;

    3. 以游仆虫、草履虫等为材料,阐明其有性生殖过程中大、小核发育、分化及基因重组的模式和机制,解析其性别分化和决定的相关基因及分子机制;

    4. 探讨旋唇纲等高等分化类群无性生殖期间细胞器结构及模式的形成与个体发育;

    5. 围绕纤毛虫演化、分化过程中的重要事件和机制,探讨胞器分化、结构与功能等重要生理过程中相关功能基因的调控机制;

    6. 探讨纤毛门内各高阶阶元间的亲缘关系、系统发育与演化;构建纤毛虫各代表类群的DNA库、条形码数据库、标记基因库、组学信息库等遗传信息库,开展纤毛虫重要类群的组学信息分析。




  • 承担课题

    · 国家自然科学基金“杰青”项目:纤毛虫原生动物基础生物学(2022-2026

    · 国家自然科学基金重点项目:淡水湿地中纤毛虫原生动物多样性格局与档案资料的建立:以东湖(武汉)与微山湖水系为例(2021-2025

    · 国家自然科学基金“优青”项目:扇形游仆虫接合生殖期间的基因组重组研究(2020-2022

    · 国家自然科学基金国际(地区)合作与交流项目:纤毛虫原生动物重要代表类群的组学及系统发育基因组学分析(2021-2023

    · 国家自然科学基金面上项目:以纤毛虫原生动物-嗜热四膜虫为模式:组蛋白甲基化酶TXR1的细胞周期性波动对复制-转录冲突的调控(2021-2024

    · 国家自然科学基金面上项目:以原生动物扇形游仆虫为模式的大小核基因组重组模式及机制研究(2018-2021

    · 国家自然科学基金面上项目:我国黄海和东海砂壳纤毛虫的多样性及生物地理学(2018-2021

    · 国家自然科学基金面上项目:我国南黄海沿岸湿地底栖纤毛虫原生动物:物种、基因、生态系多样性(2020-2023

    · 山东省重大科技创新工程专项:海洋微型生物多样性格局与演化机制(2019-2021

    · 山东省自然科学基金“杰青”项目:纤毛虫模式动物的基因重组及性别决定机制研究(2021-2023

    · 山东省“泰山学者”青年专家计划:纤毛虫功能基因及组学研究(2021-2025

  • 近期论文及成果


    1.Xu J., Zhao X.L., Mao F.B., Basrur V., Ueberheide B., Chait B.T., Allis C.D., Taverna S.D., Gao S., Wang W. & Liu Y. (2021) A Polycomb repressive complex is required for RNAi-mediated heterochromatin formation and dynamic distribution of nuclear bodies. Nucleic Acids Research, 49, 5407–5425

    2.Zheng W.B., Wang C.D., Lynch M. & Gao S. (2021) The compact macronuclear genome of the ciliate Halteria grandinella: a transcriptome-like genome with 23,000 nanochromosomes. mBio, 12: e01964-20.

    3.Chi Y., Chen X., Li Y., Wang C., Zhang T., Ayoub A., Warren A., Song W. & Wang Y.Y. (2021) New contributions to the phylogeny of the ciliate class Heterotrichea (Protista, Ciliophora): analyses at family-genus level and new evolutionary hypotheses. Science China Life Science, 64:606-620.

    4.Liu Y., Nan B., Niu J., Kapler G. & Gao S. (2021) An optimized and versatile counter-flow centrifugal elutriation workflow to obtain synchronized eukaryotic cells. Frontiers in Cell and Developmental Biology, 9:664418.

    5.Wang, C.D., Gao, Y.Y., Lu, B.R., Chi, Y., Zhang, T.T., El-Serehy, H. A., Al-Farraj, S. A., Li, L.F., Song, W.B. & Gao, F. (2021) Large-scale phylogenomic analysis provides new insights into the phylogeny of the class Oligohymenophorea (Protista, Ciliophora) with establishment of a new subclass Urocentria nov. subcl. Molecular Phylogenetics and Evolution, 159: 107112.

    6.2021 Zhang T.T., Li C., Zhang X., Wang C.D., Roger A.J. & Gao F. Characterization and comparative analysis of mitochondrial genomes in single-celled eukaryotes shed light on the diversity and evolution of the linear molecular architecture. International Journal of Molecular Science, 22: 2546.

    7.Ma M.Z., Xu Y., Yan Y., Li Y.Q., Warren A. & Song W.B. (2021) Taxonomy and molecular information of four karyorelictids in genera Apotrachelocerca and Tracheloraphis (Protozoa, Ciliophora), with notes on their systematic positions and description of two new species. Zoological Journal of the Linnean Society, 192: 690-709.

    8.Sheng Y., Pan B., Wei F., Wang Y.Y. & Gao S. (2021) Case study of the response of N6-methyladenine DNA modification to environmental stressors in the unicellular eukaryote Tetrahymena thermophila. mSphere, 6: e01208-20.

    9.Sheng Y., Duan L., Cheng T., Qiao Y., Stover N.A., Gao S. (2020). The completed macronuclear genome of a model ciliate Tetrahymena thermophila and its application in genome scrambling and copy number analyses. Science China Life Science, 63: 1534–1542. 

    10.Zheng W., Chen J., Doak T.C., Song W.B., Yan Y. (2020) ADFinder: accurate detection of programmed DNA elimination using NGS high-throughput sequencing data. Bioinformatics, 36: 3632–3636.

    11.Chi Y., Duan L.L., Luo X.T., Cheng T., Warren A., Huang J. & Chen X.R. (2020) A new contribution to the taxonomy and molecular phylogeny of three freshwater, well-known species of the ciliate genus Spirostomum (Protozoa: Ciliophora: Heterotrichea). Zoological Journal of the Linnean Society, 189:158-177.

    12.Wang Y.Y., Sheng Y.L., Liu Y.Q., Zhang W.X., Cheng T., Duan L.L., Pan B., Qiao Y., Liu Y.F. & Gao S. (2019) A distinct class of eukaryotic MT-A70 methyltransferases maintain symmetric DNA N6-adenine methylation at the ApT dinucleotides as an epigenetic mark associated with transcription. Nucleic Acids Research, 47: 11771–11789.

    13.Zhao X.L., Xiong J., Mao F.B., Sheng Y.L., Chen X., Feng L.F., Dui W., Yang W.T., Kapusta A., Feschotte C., Coyne R.S., Miao W., Gao S.* & Liu Y.F.* (2019) RNAi-dependent polycomb repression controls transposable elements in Tetrahymena.Genes & Development. 33: 348-364.

    14.Chen X., Jiang Y.H., Gao F., Zheng W.B., Krock T.J., Stover N.A., Lu C., Katz L.A. & Song W.B. (2019) Genome analyses of the new model protist Euplotes vannus focusing on genome rearrangement and resistance to environmental stressors. Molecular Ecology Resources, 19:1292-1308.

    15.Zhang T.T., Fan X.P., Gao F., Al-Farraj S.A., El-Serehy H.A., Song W.B. (2019) Further analyses on the phylogeny of the subclass Scuticociliatia (Protozoa, Ciliophora) based on both nuclear and mitochondrial data. Molecular Phylogenetics and Evolution,139: 106565.

    16.Wang Y.R., Wang C.D., Jiang Y.H., Katz L.A., Gao F.* & Yan Y.* (2019) Further analyses of variation of ribosome DNA copy number and polymorphism in ciliates provide insights relevant to studies of both molecular ecology and phylogeny. Science China-Life Science, 62: 203-214.

    17.Lu B., Li L., Hu X.Z., Ji D., Al-Rasheid K.A.S. & Song W.B. (2019) Novel contributions to the peritrich family Vaginicolidae (Protista, Ciliophora), with morphological and phylogenetic analyses of three poorly-known species within genera Pyxicola, Cothurnia and Vaginicola. Zoological Journal of the Linnean Society, 187: 1-30

    18.Zhao Y., Yi Z.Z., Warren A. & Song W.B. (2018) Species delimitation for the molecular taxonomy and ecology of a widely distributed microbial eukaryotes genus Euplotes (Alveolata, Ciliophora). Proceedings of the Royal Society B-Biological Science. 285: 20172159.

    19.Sheng Y.L., He M., Zhao F.Q., Shao C. & Miao M. (2018) Phylogenetic relationship analyses of complicated class Spirotrichea based on transcriptomes from three diverse microbial eukaryotes: Uroleptopsis citrina, Euplotes vannus and Protocruzia tuzeti.Molecular Phylogenetics and Evolution, 129: 338-345.

    20.Luo X.T., Yan Y., Shao C., Al-Farraj S.A., Bourland W. & Song W.B. (2018) Morphological, ontogenetic and molecular data support strongylidiids as being closely related to Dorsomarginalia (Protozoa, Ciliophora) and reactivation of the family Strongylidiidae Fauré-Fremiet, 1961. Zoological Journal of the Linnean Society, 184, 237–254.

    21.Wang Y.Y., Chen X., Sheng Y., Liu Y. & Gao S. (2017) N6-adenine DNA methylation is associated with H2A.Z-containing well-positioned nucleosomes in Pol II-transcribed genes in Tetrahymena. Nucleic Acids Research. 45: 11594-11606.

    22.Wang C.D., Zhang T.T., Wang Y.R., Katz L.A., Gao F., Song W.B. (2017) Disentangling sources of variation in SSU rDNA sequences from single cell analyses of ciliates: impacts of copy number variation and experimental errors. Proceedings of the Royal Society B-Biological Science. 284: 20170425.

    23.Wang P., Wang Y.R., Wang C.D., Zhang T.T., Al-Farraj S.A., Gao F. (2017) Further consideration on the phylogeny of ciliated protists: analyses using both mitochondrial and nuclear data with focus on the extremely confused class Phyllopharyngea (Protista, Ciliophora). Molecular Phylogenetics and Evolution,112: 96-106.