系统分类学实验室聚焦纤毛虫原生生物的基础生物学问题，涉及物种多样性、系统与个体发育、区系及分布等。迄今已主持完成了国家自然基金等课题8项和国际科技合作项目2项，在研国家自然基金1项。目前我们特别关注藻食性纤毛虫和专性厌氧纤毛虫的分类与系统学及生态学以及纤毛虫与原核生物的共生作用机制。迄今本组成员及合作者共发表论著200余篇。主要研究方向：

　　纤毛虫的多样性与分类学 主要涉及各类水体及土壤生境中纤毛虫，特别是研究欠缺的盔形纲、斜毛纲、排毛亚纲、前口纲、钩刺纲等类群的分类与物种多样性及区系分布。

　　纤毛虫的细胞发生学 主要揭示纤毛虫在其生活史的二分裂及生理重组期间的皮层纤毛器以及细胞核等结构的发生模式、原基分化及其与老结构的相承关系等。 

　　纤毛虫的系统发育 基于纤毛虫的形态分类及标记基因信息探讨相关类群的系统地位、发生与演化、阶元间的关系。

　　纤毛虫中的共生系统 探讨关键类群纤毛虫与细菌、单胞藻等共生系统的结构、形成与作用机制。